Группа Банка данных

 

 

Руководитель -             ведущий научный сотрудник,

кандидат биологических наук

Галина Николаевна Апрышко

 Тел . 8-499-612-80-86,

databankgroup@ronc.ru

 

 

Группа создана в 1975 для накопления и обобщения результатов исследований по синтезу и экспериментальному изучению биологической активности противоопухолевых препаратов в РОНЦ РАМН и сотрудничающих с ним учреждениях. Основной частью созданного сотрудниками группы Банка данных по противоопухолевым веществам является компьютерная База данных , которая постоянно пополняется и развивается в соответствии с тенденциями развития как экспериментальной химиотерапии рака, так и информационных технологий.

            Все вещества, передаваемые на изучение биологической активности в подразделения НИИ ЭДиТО РОНЦ РАМН, регистрируются в Банке данных по противоопухолевым веществам . Первичная регистрация нового вещества заключается в присвоении ему уникального идентификационного номера (IDcomp), который в дальнейшем используется при составлении всех видов документов по веществу, и занесении в компьютерную Базу данных паспортных сведений, позволяющих однозначно идентифицировать вещество и необходимых для проведения  корректных биологических экспериментов. Паспортные сведения извлекаются из паспорта, представляемого авторами синтеза вещества или его получения из природного источника. Экземпляр паспорта с указанным на нем IDcomp и образец вещества передаются для проведения биологических испытаний в соответствующее экспериментальное подразделение.

При регистрации новых веществ в компьютерной Базе данных используются современные информационные технологии. Химики, передающие вещества на изучение, в зависимости от возможностей использования информационных технологий могут подготовить паспорт несколькими способами.

            Наиболее продвинутый способ – заполнение «Электронного  паспорта». Этот вариант позволяет импортировать данные из «Электронного паспорта » в Базу данных НИИ ЭДиТО, что  облегчает ввод данных по сравнению с ручным способом и снижает количество ошибок при вводе, а также формировать химику собственную Базу данных по веществам, переданным на биологические испытания.

            Исследователи, не имеющие возможности работать с системой ISISBase, могут подготовить паспорт в виде таблицы формата Word, строки которой соответствуют полям «Электронного паспорта ».

            Простейший вариант составления паспорта – заполнение бумажных бланков паспортов. Имеются 3 формы бланков паспортов, представляющих собой копии интерфейсов пользователя при заполнении «Электронного паспорта »:

• Для синтетических веществ  (файл паспорт синтетического вещества. doc)
• Для природных экстрактов   (файл паспорт экстракта. doc)
• Общий паспорт для синтетических веществ и природных экстрактов   (файл паспорт общий. doc)

            При подготовке паспорта в любом виде (Базы данных «Электронный паспорт », электронной текстовой таблицы формата Word и бумажных форм) необходимо использовать Единые правила заполнения паспортов и Словари унифицированных терминов, позволяющие уменьшить количество разночтений и ошибок, что имеет существенное значение при последующем поиске информации в Базе данных .

            В группе Банка данных можно получить на электронном носителе или по электронной почте файлы «Электронного паспорта », паспорта в виде таблицы формата Word, бумажных бланков, Единых правил заполнения паспортов и Словарей терминов.          

Научные исследования в группе Банка данных развиваются в направлении использования Базы данных по противоопухолевым веществам РОНЦ в комплексе с внешними информационными ресурсами, компьютерными системами прогноза биологической активности веществ по химической структуре и другими информационными технологиями на этапе доэкспериментального (in silico, или информационно-технологического) скрининга потенциальных противоопухолевых веществ. В частности, использование компьютерной системы PASS (НИИ БМХ РАМН) (http://195.178.207.233/PASS/) совместно с обучающими массивами из Базы данных РОНЦ позволяет  прогнозировать комплекс таких фармакологических эффектов, как спектр противоопухолевой активности на экспериментальных моделях опухолевого роста in vivo, цитотоксичность in vitro, побочные эффекты, взаимодействие с известными молекулярными мишенями действия противоопухолевых лекарств. При этом возможно прогнозирование количественного уровня противоопухолевого действия на определенную опухоль, что существенно расширяет возможности прогноза по сравнению со стандартной версией PASS, позволяющей получать только качественное указание на возможность проявления веществом противоопухолевой активности без конкретизации опухолевой модели.

            Основные публикации и презентации