Лечение острого лимфобластного лейкоза проводится по международному протоколу ALL IC-BFM 2002. Бессобытийная выживаемость у больных с острым лимфобластным лейкозом составляет 85%. Протокол НИИ ДОГ ОМЛ-2002 разработан в отделении для лечения больных с острым миелобластным лейкозом. Терапия является рискадаптированной. Стратификация по группам риска зависит от кариотипа, морфологического варианта (по FAB) и иммунофенотипа бластных клеток костного мозга. В протокол включена аутотрансплантация стволовых клеток для больных со средним и высоким риском развития ОМЛ. Бессобытийная выживаемость в данном исследовании составила 42%. При лечении рецидивов ОМЛ достигнута бессобытийная выживаемость 25%. Бессобытийная выживаемость больных с лимфосаркомой, леченных по протоколу NHL-BFM-95, составляет 75%. Для лечения больных с гистиоцитозом в настоящее время применяется протокол LCH-III. Выживаемость больных независимо от стадии заболевания превышает 90%. В отделении также проводится лечение больных с распространенными стадиями и рецидивами лимфомы Ходжкина (лимфогранулематоз). Безрецидивная выживаемость этих больных составляет 95%.