В основу организации работы Института положен принцип разделения функций между Учёным советом, осуществляющим научно - экспертные функции, и Дирекцией, осуществляющей административные функции.

Учёный совет является высшим научно-экспертным органом Института, ответственным за подготовку или экспертизу наиболее важных научно-организационных мероприятий и в своей работе руководствуется Положением об Учёном совете НИИ канцерогенеза.

Учёный совет является выборным органом и включает в свой состав наиболее авторитетных учёных. В состав совета могут избираться, в качестве приглашённых членов, учёные из других Институтов, в том числе зарубежных. Директор Института и Учёный секретарь входят в его состав по положению. Срок полномочий члена Учёного совета 3 года, действует принцип ежегодного обновления состава совета путем ротации. Выборы членов Учёного совета проводятся путём тайного голосования на общем собрании научного коллектива Института. Выбранными членами Учёного совета считаются лица, получившие наибольшее число голосов. Ежегодно Учёный совет тайным голосованием на альтернативной основе выбирает одного из своих членов Председателем, сроком на 1 год. Академиком РАН Г.И.Абелевым при Учёном совете организован научный Семинар по проблемам канцерогенеза, который работает под его руководством.