В структуре Института 21 лаборатория, из них: 3 в отделе эпидемиологии и профилактики опухолей, 2 в отделе трансформирующих генов опухоли, 2 в отделе иммунохимии и 14 - самостоятельные лаборатории.

Отдел эпидемиологии и профилактики опухолей.
(зав.отделом - член-корр.РАМН, профессор Д.Г. Заридзе)

1. Отделение эпидемиологии опухолей
(зав. отделением: член-корр. РАМН, профессор Д.Г. Заридзе)
2. Отделение по внедрению и оценке эффективности методов профилактики опухолей
(зав. отделением - д.м.н. В.Ф.Лёвшин)
3. Лаборатория методов скрининга канцерогенов
(зав. лабораторией - профессор Г.А. Белицкий

Отдел трансформирующих генов опухолей
(зав. отделом - член-корр. РАМН, профессор Ф.Л.Киселёв)
1. Лаборатория молекулярной биологии вирусов
(зав. лабораторией - член-корр. РАМН, профессор Ф.Л. Киселёв)
2. Лаборатория регуляции клеточных и вирусных онкогенов
(зав. лабораторией - к.б.н. И.Б. Зборовская)

Отдел иммунохимии
(зав.отделом - академик РАН, профессор Г.И.Абелев)
1. Лаборатория иммунохимии
(зав. лабораторией - академик РАН, профессор Г.И.Абелев)
2. Лаборатория механизмов прогрессии эпителиальных опухолей
(зав. лабораторией - д.б.н. Н.Л. Лазаревич)

Самостоятельные лаборатории
1. Лаборатория механизмов канцерогенеза
(зав. лабораторией - член-корр. РАН, профессор Ю.М. Васильев)
2.Лаборатория вирусного канцерогенеза
(зав. лабораторией - профессор В.Э. Гурцевич)
3. Лаборатория противоопухолевого иммунитета
(зав. лабораторией - профессор Г.И. Дейчман)
4. Лаборатория механизмов регуляции иммунитета
(зав. лабораторией - к.б.н. Д.Б. Казанский)
5.Лаборатория цитогенетики
(зав. лабораторией - профессор Б.П. Копнин)
6. Лаборатория молекулярной эндокринологии
(зав. лабораторией - д.б.н. М.А. Красильников)
7.Лаборатория биохимии опухолей
(зав. лабораторией - д.б.н. А.В. Лихтенштейн)
8. Лаборатория иммунологии онкогенных вирусов
(зав. лабораторией - д.б.н. Н.Н. Мазуренко)
9. Лаборатория эндогенных модифицирующих факторов
(зав. лабораторией - профессор Н.В. Мясищева)
10. Лаборатория природных канцерогенов
(зав. лабораторией - профессор Л.Н. Пылёв)
11.Лаборатория генетики опухолевых клеток
(зав. лабораторией - профессор А.А. Ставровская)
12. Лаборатория канцерогенных веществ
(зав. лабораторией - профессор В.С. Турусов)
13.Лаборатория механизмов гибели опухолевых клеток
(зав. лабораторией - д.м.н. А.А.Штиль)
14. Лаборатория молекулярно-биологических методов исследования
(зав. лабораторией - профессор А.С. Ягубов)